Formation Assemblage et Annotation de génome 2021
Présentation
L’objectif est d’initier les participant.e.s aux concepts et à l'usage des méthodes bioinformatiques pour l’assemblage de novo et l’annotation de génomes à partir de technologies de séquençage short (Illumina) et long reads (PacBio / Oxford Nanopore). La formation sera basée sur des cours théoriques et exercices pratiques au moyen de l’interface usegalaxy.fr ainsi que par la présentation de cas concrets d’analyse au moyen d’exposés d’expert.e.s du domaine. La formation proposera des moments d'échanges conviviaux entre les participant.e.s et les intervenant.e.s lors de sessions de questions/réponses.
À la fin de la formation, les participant.e.s seront capables de comprendre ce qui est nécessaire pour générer un bon génome annoté.
Dates et lieu
- Du 1er au 3 décembre 2021
- Station Biologique de Roscoff
- Salle de formation : no 3, Hôtel de France (CNRS), rue Edouard Corbière (plan).
- Restauration sur place à Roscoff (restaurant Gulf Stream CNRS) .
Information importante : les candidat.e.s retenu.e.s devront disposer d’un PASS SANITAIRE valable durant les 3 jours de la formation
NOTE : la formation se déroulera en visioconférence si les conditions sanitaires ne permettent pas une réunion en présentiel.
Programme
La formation sera dispensée en français, et les supports seront en anglais.
Support de formation
Les supports de formation sont disponibles sur le site Galaxy Training! :
QC (Quality Control) : cours et TP
Assemblage : cours GTN , cours additionnel et TP
Assemblage QC : 3C
Introduction à l'annotation : cours
TP annotation : structurale et fonctionnelle, prokaryote
TP Complet SARS-CoV-2
Formulaire d'enquête : GTN Event: Post Event Survey
Acquis à la suite de la formation
Compréhension des concepts et méthodologies pour l’assemblage et l’annotation de génomes et de l’évaluation de la qualité de ces derniers, pour toutes les tailles de génomes, des virus aux mammifères.
- Le bon design d’un projet d’assemblage et d’annotation en amont du séquençage.
- Avantages et inconvénients des différentes technologies de séquençage (Illumina, PacBio et Oxford Nanopore).
- Expérience sur les outils courants pour l’assemblage de novo et sur l’évaluation de la qualité d’un assemblage.
- Expérience sur l’annotation structurale et fonctionnelle, incluant l’utilisation de données RNA-seq.
Public visé
Doctorant.e.s, ITAs, chercheur.se.s, enseignant.e.s et ingénieur.e.s impliqué.e.s dans des projets concrets d’analyse d’assemblage et/ou d’annotation.
Prérequis
Les participant.e.s devront avoir une certaine expérience avec l’utilisation de l’interface des portails Galaxy. Des connaissances sur les nouvelles technologies de séquençage et les formats de fichiers (fasta, fastq, bam, gff, etc), de même que les connaissances de base sur les principes de contrôle qualité se relèveront utiles.
Organisateur.rice.s
- Anthony Bretaudeau (Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes, INRAE Rennes, plateforme GenOuest Inria/IRISA Rennes)
- Alexandre Cormier (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
- Erwan Corre (Plateforme ABiMS, CNRS-Sorbonne Université, Roscoff)
- Stéphanie Robin (Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes, INRAE Rennes, plateforme GenOuest Inria/IRISA Rennes)
Nombre de participant.e.s attendu.e.s
20 participant.e.s.
Etant donné le nombre limité de places pour cette formation, une sélection des participant.e.s sera réalisée dans le cas où nous aurions reçu plus de 20 candidatures.
Frais d'inscription
600€ HT (tarif académique)
1200€ HT (tarif non-académique)
Ces frais d'inscription comprennent les déjeuners et dîners qui seront pris sur place à Roscoff. Ils n’incluent pas les frais d’hébergement mais un accès à la structure d’accueil de la station biologique de Roscoff pourra être proposé (http://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/services/organisez-votre-congres-scientifique-a-la-station/hebergement-restauration).
Inscription
Inscription close.
https://training.galaxyproject.org