Formation metabarcoding 2021

Contexte

Le séquençage à haut débit des amplicons de marqueurs taxonomiques tels l’ADN ribosomique, les gènes COI/COX ou les ITS a ouvert de nouveaux horizons dans l'étude des communautés de macro et micro-organismes.

Le but de cette formation est, d’une part, d’introduire les concepts clés liés aux analyses de metabarcoding et de les illustrer au moyen de cas concrets d’analyse et, d’autre part, de former les utilisateurs aux traitements de données de metabarcoding au travers de l’usage du logiciel SAMBA.

Objectifs

Le principal objectif est d’initier les participants à l'usage des méthodes bioinformatiques et statistiques pour analyser les données de séquençage à haut débit de metabarcoding. Le cours sera basé sur des exercices théoriques et pratiques au moyen du logiciel SAMBA qui implémente ces méthodes.

Le second objectif de ces journées sera d’apporter un complément d’information sur des cas concrets d’analyse de diversité au moyen d’exposés d’experts du domaine.

Le troisième est de proposer des moments d'échanges conviviaux entre les participants et les intervenants lors d'une session de questions/réponses.

Dates et lieu

  • Du  13 au 17 décembre 2021
  • Station Biologique de Roscoff
    • Salle de formation : no 3, Hôtel de France (CNRS), rue Edouard Corbière (plan).
    • Restauration sur place à Roscoff.

NOTE : la formation se déroulera en visioconférence si les conditions sanitaires ne permettent pas une réunion en présentiel.

Programme

  • La formation à l'analyse de données metabarcoding (via SAMBA) sera assurée par les équipes du SeBiMER (IFREMER) et de la plateforme ABiMS (Station Biologique de Roscoff).
  • Une place importante est laissée à la pratique :
    • 2 sessions d'analyse bioinformatique, 1 session d'analyse biostatistique les mardi et mercredi
    • 1 session autour des analyses biostatistiques avancées en metabarcoding
    • Le vendredi matin sera consacré à une session libre d'analyse soit sur vos données soit sur des jeux de données tests.
  • Différents exposés autour du metabarcoding seront assurés par :
    • Lois Maignien, Maitre de Conférence au Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (UMR 6197) à l'Institut Universitaire Européen de la Mer (Université de Bretagne Occidentale) : Titre à venir
    • Nicolas Henry, Ingénieur de recherche au Laboratoire Adaptation et Diversité en Milieu Marin (UMR 7144) à la Station Biologique de Roscoff : Exploring global diversity of microeukaryotes with 18S rDNA metabarcoding
    • Sophie Arnaud-Haond, Chercheuse au Laboratoire Halieutique Méditerranée (UMR MARBEC) à l'Ifremer Station de Sète : Titre à venir
    • Michèle Gourmelon, Chercheuse au Laboratoire d'Ecologie Pelagique (PDG-ODE-DYNECO-PELAGOS) à l'Ifremer Centre Bretagne : Titre à venir

Accès aux cours et tutoriels

Le TP linux sur le cluster ABIMS

Le protocole de connexion sur le cluster ABIMS

L'introdution à R et R Studio sur cluster ABIMS.

Les cours et les tutoriels metabarcoding sont accessibles au bout de ce lien.

La présentation de Lois Maignien.

La présentation de Michèle Gourmelon.

La présentation de Nicolas Henry.

Public visé

Doctorants, ITA, chercheurs, enseignants et ingénieurs impliqués dans des projets concrets d’analyse de données de metabarcoding.

Pré-requis

Pour des raisons pratiques et techniques, l'utilisation de SAMBA se déroulera en ligne de commande.

L'usage de SAMBA en ligne de commande est assez simple. Toutefois, pour accompagner les participants.es à la prise en main de la ligne de commande, nous vous proposons deux ateliers. Le premier, optionnel, consisterait à suivre une auto-formation en ligne sur le site DataCamp : Introduction to shell. Le second aura lieu pendant la formation metabarcoding : le lundi après-midi proposera un TP complet à la prise en main de la ligne de commande sur la plateforme ABiMS.

Organisateurs

  • Cyril Noël (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Patrick Durand (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Erwan Corre (Plateforme ABiMS, CNRS-Sorbonne Université, Roscoff)

Nombre de participants attendus

23 participants.

Etant donné le nombre limité de places pour cette formation, une sélection des participants sera réalisée dans le cas où nous aurions reçu plus de 23 candidatures.

Frais d'inscription

600€ HT (tarif unique)

Ces frais d'inscription comprennent les déjeuners et diners qui seront pris sur place à Roscoff.

Inscription

Inscriptions closes.