Logiciels bioinformatiques

Logiciels du Service Bioinformatique

Le Service Bioinformatique de l'Ifremer met à disposition différents outils :

  • ASPICov: an automated pipeline for identification of SARS-Cov-2 nucleotidic variants.
    (Projet piloté par CHU Limoges, Réseau National Obépine)
  • BeeDeeM: the Bioinformatics Databank Manager System.
  • BeeDeeM-Tools: Various sequence manuipulation file tools relying on the Bioinformatics Databank Manager System, BeeDeeM.
  • BLAST-PLAST-bench: a script framework originally used to run benchmarks of BLAST and PLAST on a cluster infrastructure
  • BlastViewer: the BLAST/PLAST/Diamond Results Viewer Tool. Capable of importing InterProScan results, too.
  • ORSON: a nextflow workflow for transcriptome and proteome annotation.
  • OMICS-CATALOG: a FAIR toolkit for fast visualization of omics data and metadata.
  • SAMBA: a flexible automated workflow for the reproducible and standardized processing of eDNA metabarcoding data.
  • ToolDirectory: an easy and convenient tool to list softwares installed on a local system.

Certains de ces pipelines sont également disponibles sur workflowhub.eu.

Autres logiciels Ifremer

Vous pouvez également consulter les dépôt de codes sources suivants mis à disposition par les collègues de l'institut :

Mise à disposition d'outils packagés pour Conda

Outils packagés pour Conda et rendus disponibles via le site participatif "Anaconda Cloud" :

Mise à disposition d'images Docker et Singularity