Formation metabarcoding 2018

Contexte

Le séquençage à haut débit des amplicons de marqueurs taxonomiques tels l’ARN ribosomique, les gènes COI/COX ou les ITS a ouvert de nouveaux horizons dans l'étude des communautés de macro et micro-organismes.

Le but de cette formation est, d’une part, d’introduire les concepts clés liés aux analyses de metabarcoding et les illustrer au moyen de cas concrets d’analyse et, d’autre part, de former les utilisateurs aux traitements de données de metabarcoding au travers de l’usage du logiciel FROGS ainsi que d’autres outils d’analyses (Mothur, R scripts).

Objectifs

Le principal objectif est d’initier les participants à la pratique de l’outil FROGS utilisé pour analyser les données de séquençage à haut débit de metabarcoding. Le cours sera basé sur des exercices théoriques et pratiques.

Le second objectif de ces journées sera d’apporter un complément d’information sur des cas concrets d’analyse de diversité au moyen d’exposés d’experts du domaine.

Le troisième est de proposer des moments d'échanges conviviaux entre les participants et les intervenants autour des repas du midi et du soir inclus dans cette formation.

Programme

• Lundi 14 mai  :
  • Introduction à l’analyse de données metabarcoding
  • Introduction à FROGS
• Mardi 15 mai :
  • Formation à FROGS
• Mercredi 16 mai :
  • Formation à FROGS
• Jeudi 17 mai :
  • Formation à FROGS
  • Exposés sur l'analyse de données de metabarcoding
• Vendredi 18 mai :
  • Tutoriel Mothur
  • Tutoriel Visualisation sous R

Programme détaillé de la formation metabarcoding 2018

Lien vers les supports de cours et les présentations des invités : formation-metabarcoding-2018.zip (294 Mb)

Dates et lieu

• Du 14 au 18 mai 2018
• Station Biologique de Roscoff

Public visé

Doctorants, ITA, chercheurs, enseignants et ingénieurs impliqués dans des projets concrets d’analyse de données de metabarcoding.

Pré-requis

Avoir une connaissance de l'environnement Galaxy et un projet d'analyse de données de metabarcoding.

Nombre de participants attendus

18 participants.

Etant donné le nombre limité de places pour cette formation, une sélection des participants sera réalisée dans le cas où nous aurions reçu plus de 18 candidatures.

Frais d'inscription

600€ HT (tarif unique)

Ces frais d'inscription comprennent les déjeuners et diners qui seront pris au restaurant Gulf Stream à Roscoff.

Organisateurs

• Laure Quintric (Cellule Bioinformatique, IFREMER, Brest)
• Patrick Durand (Cellule Bioinformatique, IFREMER, Brest)
• Erwan Corre (Plateforme ABiMS, CNRS-Université Sorbonne, Roscoff)

Intervenants

La formation FROGS sera assurée par :

• Anne-Laure Abraham (INRA, Jouy en Josas)
• Mahendra Mariadassou (INRA, Jouy en Josas)

Différents tutoriaux et exposés autour du metabarcoding seront assurés par :

• Lucie Zinger (ENS, Paris)
• Frédéric Mahé (CIRAD, Montpellier)
• Laurent Toffin (IFREMER, Brest)
• Angélique Gobet (CNRS, Roscoff)
• Daniel Vaulot (CNRS, Roscoff)

Inscription

La formation étant complète, les inscriptions sont closes.