Formations Bioinformatiques en Polynésie - 2022

Dans le cadre de l'édition 2022 des Rencontres Bioinformatiques Ifremer qui se dérouleront à Tahiti, le SeBiMER organisera une série de quatre formations.

Programme des formations

  • Apprentissage de l'utilisation d'un cluster de calcul (30/08 après-midi)
    L'ensemble des formations se déroulant sur DATARMOR, le cluster de calcul géré par l'Ifremer, une session de 4h sera consacrée à l'apprentissage de la ligne de commande Linux et le portail web Galaxy.
  • Assemblage et annotation de génomes (31/08 - 02/09)
    L’objectif est d’initier les participant.e.s aux concepts et à l'usage des méthodes bioinformatiques pour l’assemblage de novo et l’annotation de génomes à partir de technologies de séquençage short (Illumina) et long reads (PacBio / Oxford Nanopore). La formation sera basée sur des cours théoriques et exercices pratiques au moyen de l’interface usegalaxy.fr. À la fin de la formation, les participant.e.s seront capables de comprendre ce qui est nécessaire pour générer un bon génome annoté.
  • Génomique comparative (05/09)
    Recherche de gènes spécifiques, recherche de synténies, analyses phylogénomique & pangénomique.
  • Analyse de données metabarcoding (07/09 - 09/09)
    Le principal objectif est d’initier les participants à l'usage des méthodes bioinformatiques et statistiques pour analyser les données de séquençage à haut débit de metabarcoding. Le cours sera basé sur des exercices théoriques et pratiques au moyen du logiciel SAMBA qui implémente ces méthodes.
  • Temps d'échange (06/09)
    Une journée est consacrée à un temps d'échange entre les équipes et le service de bioinformatique.

Pré-requis

  1. Une connaissance et une première utilisation du portail Galaxy et de la ligne de commande Linux sont très vivement recommandés pour profiter pleinement des formations ; un rapide cours d'introduction à Galaxy et Linux sera proposé ;
  2. Les participants.es sont invités.ées à venir avec leur PC portable ;
  3. Ils.elles doivent également disposer d'un compte DATARMOR (le cas échéant, à créer avant le début de la formation ; se rapprocher du SeBiMER).

Programme et calendrier

Public visé

Doctorant.e.s, ITAs, chercheur.se.s, enseignant.e.s et ingénieur.e.s impliqué.e.s dans des projets concrets d’analyse de données metabarcoding,  d’assemblage et/ou d’annotation de génomes.

Elles seront accessibles aux personnels des Centres de recherche de l'Ifremer (Pacifique et Nouvelle Calédonie), et des autres centres et universités présents en Polynésie.

Pour des raisons pratiques et pédagogiques, ces formations ne seront proposées qu'en présentiel, pas de visioconférence possible.

Inscription

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